Die Abteilung 'Betrieb Kläranlage und Pumpwerke' kümmert sich um die Abwasserreinigung für die Stadt Konstanz, die Schweizer Nachbarstadt Kreuzlingen und den Abwasserreinigungsverband östlicher Bodanrück mit den Gemeinden Allensbach und Reichenau und das mit einer der modernsten Kläranlagen am Bodensee. Dazu gehört auch der Betrieb der etwa 35 Pumpwerke und Regenwasserbehandlungsanlagen, über die das Abwasser in die Kläranlage gelangt.